Program Magister merupakan Program Pendidikan Jenjang S2. Terdapat Program Studi Magister Manajemen, Magister Ilmu Manajemen, Magister Ilmu Akuntansi, Magister Akuntansi yang membuka peluang untuk sekaligus mengambil pendidikan Profesi Akuntansi, Magister Ilmu Ekonomi, Magister Perencanaan Ekonomi dan Kebijakan Pembangunan dan Magister Ekonomi Kependudukan dan Ketenagakerjaan.